Существуют проверки по специальным аудиторским заданиям с выдачей специального заключения, содержание и порядок составления которого отличаются от общепринятых норм.
Порядок проведения аудита в таких случаях определен Правилом (стандартом) «Заключение аудиторской организации по специальным аудиторским заданиям», одобренным Комиссией по аудиторской деятельности при Президенте Российской Федерации 20 октября 1999 г. (Протокол № 6).
Аудит по специальному заданию может быть только инициативным и проводится в любое время в тех объемах, которые предварительно оговорены в техническом задании.